Gemliğin denizcilik tarihi eskilere dayanmaktadır, ortaçağdaki adi Kius (Cius)’tur. Bursa civarında kurulan en eski kent olup, kuruluşu M.Ö.XII.yüzyılda Argonotlara kadar gider. Herodot’un ünlü Tarih’inde bölgeden söz edilen tek kent budur. Gemlik, 1.333 yılında Kara Timurtaş Paşa’nın gayretiyle fetih edilmiştir. Gemlik sözcüğü, Gemilik, yani gemilerin yanaştığı ve gemi üretildiği bir yer anlamından gelmiştir. 1.087 yılında Ebulkasım, Gemlik’i ele geçirip burada donanma yaptırdığı için bu adı aldığı söylenir. 

           Başkanlığımız, Gemlik Körfezi’nin doğusunu kapsayan, Marmara Bölgesindeki hızlı sanayileşme ve ticaret hacminin ihtiyacı olan deniz yolu taşımacılığının önemli limanlarını içine alan, coğrafi konumu itibariyle Kuzeybatı Anadolu’nun deniz yolu taşımacılık ihtiyacına cevap verebilen bir sahada hizmet vermektedir. Liman Başkanlığımızın hizmet verdiği alan; İstanbul, Bursa, İzmit kesişimindeki limanların bölgede lojistik üs oluşturması ve ülkemizin 4.büyük serbest bölgesinin Gemlik’te bulunması sebebiyle, denizcilik sektörünün hızlı geliştiği bir bölge olmuştur. Ayda ortalama 300 gemi hareketinin olduğu, özellikle konteyner, otomotiv ve kuruyük olmak üzere birçok çeşit yükün elleçlenebildiği Liman Başkanlığı yetki sahamızda, deniz otobüsleriyle yolcu taşımacılığı da yapılmaktadır. Bitişik liman başkanlıklarımız Yalova ve Mudanya’dır.  
Başkanlığımızın görev yetki ve sorumlulukları ana hatlarıyla;

Gemilere ordino ve LÇB düzenlenmesi, 
 Kıyılarımızın korunması ve kıyı yapılaşmalarının denetimi, 
 Limanlar Yönetmeliği hükümlerinin titizlikle uygulanmasının sağlanması,
 Liman Tesislerinin yıllık ISPS denetimlerinin yapılması, 
 Deniz araçlarının ölçümleri, Sörvey ve belgelendirme işlemlerinin yapılması, 
 Türk Bayraklı gemiler için Bayrak Devleti, Yabancı Bayraklı gemiler için Liman Devleti denetimleri, 
 Liman sahamızda bulunan Balıkçı barınaklarının denetimleri, 
 Gemi Adamlarının Eğitimi, Belgelendirilmesi, sınavları ve kütükleme hizmetlerinin yerine getirilmesi, 
 Liman sahası yetki alanı içindeki Gemi İnşa Tersanelerinin ve Çekek yerlerinin denetimleri