-GÜMRÜK HİZMETLERİ
    Müdürlüğümüz halen 1’nci sınıf Gümrük Müdürlüğü olup, 26/03/2001  tarihinden itibaren de Modernizasyon Projesi Modernizasyon Projesi kapsamında bilgisayar ortamında hizmetlerini yürütmektedir. Müdürlüğümüz bazı ihtisas gümrüğü uygulamaları hariç her türlü giriş çıkış transit işlemlerini görmeye yetkili kılınmıştır. Ayrıca Devlet Bakanlığı Makamının 02/03/2006 tarihli 2006/6 sayılı Onayı uyarınca Bursa Tekstil İhtisas Gümrük Müdürlüğünün faaliyetinin sona erdirilmesi nedeniyle anılan Müdürlükçe verilen hizmetler 01/04/2006 tarihinden itibaren Müdürlüğümüzce verilmeye başlandığından tekstil ihtisas gümrüğü olarak da görev yapmaktadır. Ayrıca; Ayakkabı-çanta, amonyum nitrat, sodyum nitrat, düz cam, ham petrol ve akaryakıt, pil ve akümülatör, atık ve metal hurda ile Veteriner kontrolüne tabi hayvansal  ürünler alanlarında ihtisas gümrüğü olarak görev yapmaktadır.
- MUHAFAZA HİZMETLERİ
Gümrük Muhafaza Hizmetlerinin yerine getirilmesi amacıyla 03/06/1987 tarihli (mülga) maliye ve Gümrük Bakanlığı Onayı ile Bursa Gümrük ve Muhafaza Başmüdürlüğü bağlantısı Gemlik Gümrük Muhafaza Müdürlüğü olarak ihdas edilmiştir.
Ancak, Uludağ Gümrük ve Ticaret Bölge Müdürlüğünün 28/12/2011 tarih ve 6073 sayılı yazıları eki Gümrük ve Ticaret Bakanlığı Makamının (Gümrükler Genel Müdürlüğünün) 28/12/2011 tarih ve 10916 sayılı yazıları eki; 640 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulan Bakanlığımızın taşradaki gümrük hizmetlerinin daha etkin ve süratli yapılmasını teminen aynı yerde Gümrük ve Gümrük Muhafaza Müdürlüğü olarak yürütülen hizmetler tek Müdürlük çatısı altında birleştirildiğinden Gümrük Muhafaza Kaçakçılık ve İstihbarat Müdürlüğü kurulmayan yerlerde bulunan Gümrük Muhafaza İdarelerindeki  mevcut personel, hizmet binası ve her türlü belge dosya ve demirbaşların ilgili Gümrük Müdürlüğüne devredilmesinin talimatlandırılması nedeniyle Gümrük Muhafaza Hizmetleri Gemlik Gümrük Müdürlüğü çatısı altında verilmeye devam etmektedir.